Das FFH-Gebiet Stiftungsflächen Schäferhaus ist ein NATURA 2000-Schutzgebiet in Schleswig-Holstein. Es hat eine Fläche von 107 ha und liegt im westlichen Stadtgebiet von Flensburg. Es ist Teil des Stiftungslandes Schäferhaus der Stiftung Naturschutz Schleswig-Holstein. Das FFH-Gebiet wurde bis 1998 als Truppenübungsplatz von der Bundeswehr genutzt.